結構手間取った。
\begin{aligned} の中で、バックスラッシュ2つ \\ の後にスペースを置くと改行できる。

\(
    \begin{aligned} 
    x &= 1+1 \\ 
    &= 2
    \end{aligned}
\)

結果:

x=1+1=2 \begin{aligned} x &= 1+1 \\ &= 2 \end{aligned}

参考 :

Cannot achieve line break in multiline equation (LaTeX/Mathjax)
https://github.com/gcushen/hugo-academic/wiki/FAQ