結構手間取った。
バックスラッシュを4つ重ねた後スペースを置く \\\\ と改行できる。

\\(
    \begin{aligned} 
    x &= 1+1 \\\\ 
    &= 2
    \end{aligned}
\\)

結果:

\( \begin{aligned} x &= 1+1 \\ &= 2 \end{aligned} \)

参考 :

Cannot achieve line break in multiline equation (LaTeX/Mathjax)
https://github.com/gcushen/hugo-academic/wiki/FAQ